马克思主义学院前身为马列主义教研室，成立于1977年12月，1985年5月，马列主义教研室挂靠政史系。1990年，学校筹建德育室，隶属于校党委宣传部。1998年，学校组建公共教学部，下设思政室和教育学及心理学教研室。2001年，思政室与马列主义教研室合并，组建思想政治教育教研室，与政教系一个机构两块牌子。学校升格后，政教系更名为教育与法政系，思想政治教育教研室更名为思想政治理论课教学研究部，与教育与法政系一个机构两块牌子。2011年8月，思想政治理论课教学研究部独立设置。2016年11月，成立马克思主义学院，负责全校思想政治理论课教育教学与科学研究工作。马克思主义学院下设思想政治教育教研部、马克思主义中国化教研部和形势政策教育教研部。另外，安徽省大学生思想动态分析研究中心、安徽省中国特色社会主义理论体系研究基地（滁州学院）和滁州学院廉政文化研究中心挂靠马克思主义学院。马克思主义学院指导管理滁州学院大学生习近平新时代中国特色社会主义思想研究会和何新学术研究与批判学会两个学生社团。
马克思主义学院师资力量雄厚，现有专任教师34人，其中教授5人、副教授11人、讲师16人（含政工师1人）、助教2人；博士（含博士后1人，在研博士后1人，博士在读2人）13人、硕士18人；兼职教师11人，其中副教授8人、在读博士1人、硕士9人。教师学缘结构合理，分别毕业于复旦大学、浙江大学、上海交通大学、南京大学、厦门大学、苏州大学、首都师范大学、上海师范大学、安徽大学、安徽师范大学等高校。独立设置以来，马克思主义学院获批安徽省优秀教师1人，省高校优秀德育工作者4人，省教坛新秀2人，省优秀教学管理工作者1人。
近三年，马克思主义学院教师主持国家社科基金项目1项，教育部人文社会科学研究项目4项，省厅级教科研项目20项，校级教科研项目31项，公开发表教科研论文100余篇，出版专著和主编、参编教材10余部。（信息截止：2019年5月）